Коробка может в аварийном режиме находится по разным причинам, но в любом случае это не есть основная неисправность. Блок управления АКПП видит что с блоком управления двигателя что-то не так, поэтому и прописывают у себя неисправность. Эта неисправность в блоке управления АКПП не говорит о дефекте коробки или самого блока управления.
Если снять вообще разъем с блока управления АКПП, машина заводиться должна в любом случае.
Напишите пред историю. После чего это произошло?