Я к тому что вероятнее всего программа менялась и некоторые диагностические функции блоков управления утеряны. В связи с этим блок управления не воспринимает неисправности, которые на машине присутствуют. Действительно нужно заменить ПО блока управления двигателя на штатное. Нужно обратиться к людям кто делает чип тюнинг и сними обсудить вопрос на возможность вернуть ПО в исходное состояние.